設計理念
生物醫學資訊學為跨領域之新學門，因此希望培養同學跨領域學習與研究之能力。其中碩士班強調實用，而博士班則強調前瞻。
本所課程設計配合本所教育目標與宗旨，為達到碩士班強調實用的目的，特別安排暑期實習，此乃本所特色之一。同時，因應經濟發展之趨勢，本所在教學發展目標與特色上，除去達到高度整合教學資源與師資外，能夠效率化提升本所多元化研發專業人才培訓養成，課程之安排設置採多元化與多樣化，但系統化規劃，且課程設計強調「國際化」層面。
除培養核心能力之基本課程外，課程設計涵蓋資訊、生資、醫資三大領域，不僅藉以增廣學生學習領域，整合教學資源，並兼顧跨學域及整合性之目標，提供學生加強次專業領域之學習。兼顧基礎與實用需求，尤其配合畢業後可能進入產業之需要，強化相關實用課程。在三大類課程規劃中，逐年串聯各項課程，讓學生可循序漸進學習，清楚的課程規劃，對於學生學習有所助益，增加學生未來發展之機會及選擇性。
課程設計及內容
基礎領域
碩士班
- 程式設計
- 生物醫學資訊學的統計學基礎或基本統計
- 組織及病理生理學或 分子細胞生物學概論或 醫學概論
博士班
- 生物醫學資訊學研究技術
- 生物醫學資訊學教學
- 高等論文寫作
資訊領域
必修課程
- 程式設計
- 基礎課程
作業系統
- 資料結構
- 數位系統與計算機結構
- 應用課程
生醫程式設計（進階程式）
- 資料探勘
- 資料庫
- 生醫訊號處理
- 通訊網路
- VBA應用程式設計
生資領域
必修課程
- 生物資訊學原理
基礎課程
- 生物資訊學的生物學基礎
- 分子細胞生物學概論
- 分子細胞生物學技術
應用課程
- 基因體學
微陣列數據分析
分子演化與親緣系統學
高等生物序列分析
柔性運算與生物資訊應用
- 蛋白體學
蛋白質體資訊學
結構生物學
分子模擬的概論與應用
高等蛋白質體學
- 系統及合成生物學
系統生物學、導論、實驗
合成生物學、實作、專題
網路生物學
生物調控
醫資領域
必修課程
- 醫學資訊學
- 基礎課程
醫學專有名詞
- 護理資訊學
- 醫療科技評估
- 應用課程
醫學資料庫設計與管理
- 醫學影像暨儲存系統
- 健康照護機動科技應用
- 醫學決策支援及專家系統
- 醫學影像處理
- 顧客關係管理在健康照護的應用
- 人機界面設計與有用性工程
- 長期照護之整合性健康照護模式